Setelah Naruto bertemu dengan Pein yang asli yaitu Nagato, Naruto meminta Nagato untuk menceritakan kisah hidupnya yang bisa membuatnya menjadi seperti ini. Tapi sebagai imbalannya, Naruto akan memberikan jawaban tentang perdamaian. Nagato akhirnya menyetujui dan mulai menceritakan.
Nagato mempunyai 2 kejadian yang menyakitkan. Pertama, saat perang antar desa, ada 2 orang shinobi yang sedang mencari makan di sebuah rumah, saat itu Nagato dan orang tuanya sedang mengendap-endap untuk pergi dari desanya, tapi saat sudah dekat dengan pintu keluar, Nagato menyenggol sesuatu sehingga menimbulkan bunyi dan membuat ke-2 shinobi tersebut mendatangi arah datangnya suara. Akhirnya orangtua Nagato dibunuh oleh shinobi tersebut, tetapi saat Nagato melihat ikat kepalanya ternyata mereka shinobi yang berasal dari Konoha. Akhirnya dengan tidak sadar, Nagato menyerang kedua ninja tersebut sampai akhirnya Nagato menyadari kedua ninja tersebut mati keesokan harinya.Nagato tidak memiliki siapa-siapa lagi.
Keesokan harinya, setelah Nagato menguburkan kedua orang tuanya, Nagato berkelana. Di tengah jalan, Nagato bertemu dengan seekor anjing. Anjing tersebut ingin ikut dengan Nagato. Akhirnya anjing tersebut berkelana menemani Nagato. Tetapi di tengah jalan, Nagato jatuh lemas karena sudah berhari-hari tidak makan walaupun dia sudah mencoba mendatangi rumah orang untuk meminta makan, tetapi tidak diberi. Akhirnya datang seorang wanita memberikan Nagato sebuah roti untuk dimakan. Nagato diajak ke tempat tinggal wanita tersebut, ternyata wanita tersebut adalah Konan. Konan tinggal bersama satu anak yatim piatu yang bernama Yahiko. Ternyata mereka berdua juga mengalami hal yang sama dengan Nagato, orang tua mereka dibunuh saat perang.
Mereka menjalani hidup mereka dengan mencuri makanan di pasar. Sampai suatu hari saat mereka sedang berjalan-jalan, sebuah bom kunai jatuh di atas mereka dan menyebabkan anjing kesayangan Nagato mati. Ternyata di dekat situ terjadi perang antara Hanzo pemimpin Amegakure dengan Trio ninja Konoha yaiotu Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Akhirnya Hanzo membiarkan mereka hidup, karena hanya mereka ber-3 yang dapat bertahan hidup saat itu.
Dalam perjalanan pulang, Yahiko mencegah mereka dan meminta makanan. (Lanjutan ceritanya sama dengan komik naruto vol 41)
Setelah di tinggal Jiraiya, mereka bertiga membuat sebuah geng yang dipimpin oleh Yahiko. Suatu hari, Hanzo datang untuk bekerja sama dengan geng mereka untuk menciptakan dunia yang damai tanpa perang.
Tapi, semua itu hanyalah perangkap dan kebohongan. Karena kerja sama tersebut, Yahiko meninggal. Keesokan harinya setelah kerja sama tersebut di tempat yang sudah dijanjikan, Hanzo menyandera Konan dan ingin Yahiko mati atau Konan yang akan mati. Akhirnya saat Nagato mengambil kunai, tangan Yahiko langsung menyambar dan mengenai dada Yahiko, Yahiko akhrinya mati. Itulah kejadian yang menyakitkan yang ke-2. Setelah itu, Nagato menjadi tidak sadarkan diri dan menggunakan Rinnegan untuk menyelamatkan Konan dan membunuh Hanzo.
Setelah semua itu selesai, Nagato menjadi pemimpin akan geng tersebut. Akhirnya saatnya Naruto untuk memberikan jawabannya. Naruto berkata kalau dia percaya akan apa yang dikatakan Jiraiya yaitu tentang suatu saat setiap orang pasti akan mengerti satu sama lain sehingga menciptakan dunia yang damai tanpa perang, Naruto masih membenci Nagato, tetapi Jiraiya mengingatkan padanya bahwa dia percaya pada Naruto, maka Naruto percaya akan apa yang Jiraiya percayakan, itu jawabannya. Maka dari itu, Naruto tidak ingin membunuh Nagato walaupun dia sangat benci kepadanya.
Setelah mereka bercakap-cakap dan berdebat. Akhirnya Nagato percaya terhadap Naruto, karena dia meresa bahwa di dalam Naruto dia memiliki masa depan yang berbeda dari sebelumnyakarena masa kecil Naruto sama dengan Nagato yang tidak memiliki orang tua. Maka Nagato percaya akan Naruto, lalu Nagato membuat segel. Tapi segel untuk apakah itu?????????
Itu saja yang kutahu, jika ada kata-kata yang membuat Anda bingung, saya minta maaf karena memang sulit diartikan. Terima kasih telah membaca dan jangan lupa untuk memberikan komentar-komentar ya……..